吾丘衍所撰《学古编》两卷，卷一为《三十五举》，卷二为《合用文籍品目》。《三十五举》为此书主要部分，是论述如何写好篆书与认识汉印的特点与规律，是历史上最早研究印章艺术的专论。故后人往往直呼该书为《二：三十五举》。二卷所列书目，多为前卷补充服务。《：：蔓十五举》主要观点是：求复古，溯汉风，变时俗。他主张以小篆为基础，利用《说文》，以匡正唐宋以来文字与印式之乖谬。他把篆印所需知识列为35条，前十七举是研究篆书源流、品类、特点以及如何写好篆书的方法等。其后则是专论印章体制，朱白文法、章法，并探讨了以汉印为主的基本艺术规律等。如十八举谈了汉印的外形特征：
“汉有摹印篆，其法只是方正篆法，与隶相通，后人不识古印，妄意盘屈，且以为法，大可笔也。多见故家藏得汉印，字皆方正，近乎隶书，此即摹印篆也。”十九举讲了汉印的铸、凿等的分类。二十举讲到如何达到平方正直，即“纵有斜笔，亦当取巧写过”。二十一、二“二十二、二十七、三十一、三十五举中，都谈了章法中的字距要点，以及印面的间隔字距与空间处理。如二十二举：“四字印，若前二字交界略有空，须当空一画”二十七举说：“白文印，必逼于边，不可有空，空便不占。”王十一举日：“凡文中有一二字忽有自然空缺，不可映带者，听其自空，古印多如此。”这里所讲的“古”和“古印”，当时指汉魏白文印。
同时也谈到宋元时朱文印的特点规律，如二十三举中述及“轩斋等印”、“终是白文，非古法，不若只从朱文”。二斗。四举日：“朱文印或用杂体篆，不可太怪，择其近人情者，免弗词说可也。”二十八举日：“朱文印，不可逼边。须当以字中空白得中处为相去，庶免印出与边相倚无意思耳。字宜细，四边有出笔，皆滞边，边须细于字，边若一体，印出时四边虚，纸昂起，未免边肥于字也。非见印多，不能晓此。粘边朱文，建业文房之法。”这是他对唐宋元时期朱文印章见得多，比较而得出的美学观，同时也是吸收了前人论印的具体发挥。如关于印边与文字的粗细、空、接之论，即是对米芾“圈细于文”的发展。《三十五举》也是前人编辑、研究、考察古印的总结与发展。徐官在《古今印史·印章制度》后附按语说：“吾子行集本多采杨(遵)、王(俅)、颜(未夏)三家之说，而附以己意。”
此外，他多次提到“不古”与“古法”，这也是他反复将汉魏印章与唐宋印章比较研究的结果。而这些}匕较中，又涉及到印学史(如“古无押印”、“轩斋印始于唐”、“颜鲁公官诰尚书省印，可考其说”，以及“汉、魏白文”“唐用朱文”)，印章分类(如姓名印、表字印、轩斋印、道号印)，印章文字与如何写篆(如六、七、十、十二、十三、十四、十五举等)，章法处理(如廿一、廿二、廿七、廿八、三十五举)，印谱介绍(三十二举)等等。此书一出，晦暗将近千余年的汉印风貌，始为后人注目。明、清两代许多印家，多从其说，为明清印学的复兴，奠定了理论基础。清金石学家桂馥说：“摹印变于唐，晦于宋，迨元吾丘衍作《三十五举》，始从汉法。”这基本符合印学史发展的进程。因之明清不少印人，皆仿其体例撰文。有传为明何震的《续学古篇》，《连三十五举》，清桂馥有《续》、《再续三十五举》、《重订续三十五举》之作，姚晏、余懋等有《再续三十五举》，黄子高《续三十五举》，姚觐元的《三十五举校勘记》等等。吾丘衍重视篆法，以《说文》为本，提倡篆刻应“方正”、“浑厚”、“不可太怪”、“学篆字，必须博古，能识古器”等观点，对后来明清两代印人崇尚汉印，并在此基础上印外求印，广泛吸收有关金石文字而创新有重大的影响。
由于时代的局限性，.他对古文字、古印制度有关知识的认识，也有某些局限和错误之处。如他认为“三代无印”、“古无押字”、“有人依款识字或作印，此大不可，盖汉时印文不曾如此”。但这是大醇小疵，并不影响他在印学上的历史地位。